"Скептики-материалисты" не признают существования сверхъестественных явлений, поскольку уверены, что с помощью надежно установленных законов природы можно объяснить любые события, даже крайне маловероятные. Однако не подлежит сомнению, что можно назвать, бесспорно, реальные события, причины которых ученые любых специальностей, по их собственному признанию, не только не понимали и не понимают, но и никогда не поймут. И дело не в недостатке у них интеллектуальных способностей и воображения, а просто в том, что такие события в принципе необъяснимы на базе законов природы.

К их числу Коллинз относит Большой Взрыв, который, согласно современным космологическим теориям, около четырнадцати миллиардов лет назад дал начало нашей Вселенной. Законы физики, утверждает Коллинз, позволяют описать процессы, которые имели место после Большого Взрыва, однако они не могут ничего сказать о том, почему он произошел. Коллинз уверен, что причиной Большого Взрыва могло быть только вмешательство сверхъестественной силы. "Я не могу понять", - продолжает он, "как природа могла породить самое себя. Такое рождение не могло не быть актом божественной воли". 

Коллинз признает, что после Большого Взрыва Вселенная эволюционировала в соответствии с законами физики. В то же время он напоминает, что если бы начальные условия этой эволюции и значения основных физических констант были чуть-чуть иными,  нигде во Вселенной никогда не возникли бы условия, подходящие для зарождения органической жизни. Это обстоятельство широко известно. Оно имеет целый ряд интерпретаций, не требующих обращения к гипотезе божественной воли, создавшей мир именно таким образом, чтобы со временем гарантировать или сделать достаточно вероятным появление человека. Коллинз тоже явно не становится на позиции ее сторонников, однако дает понять, что она ему импонирует.

В целом, утверждает Коллинз, науки о природе нельзя использовать в качестве основы для суждений об истинности христианства и прочих великих монотеистических религий. Дело в том, что опорой этим религиям служат история, моральная философии и человеческий альтруизм, которые лежат вне сферы применимости естественных наук. Однако он признает, что эта точка зрения сама по себе ставит непростые проблемы. Если считать, что Бог действительно существует, причем в буквальном, а не в символическом смысле, и если признать, что ключевые выводы науки проверяемы и верны, то нельзя избежать заключения, что поучения священных книг и выводы научных статей в своей основе не могут противоречить друг другу.

Но если это так, спрашивает Коллинз, почему же многие верующие не желают признавать правоту науки в ее собственной области? И почему многие ученые убеждены, что занятия наукой несовместимы с религией? Коллинз полагает, что обе стороны проявляют нетерпимость и отказываются от разумного диалога. Оппоненты должны признать, уверен Коллинз, что наука не может отменить религию, а религия - науку. Поэтому их противопоставление не только ошибочно, но, по сути, совершенно искусственно и беспредметно.

Коллинз подробно рассматривает и отклоняет идеи креационизма в их различных версиях. Себя самого он объявляет последователем так называемого "теистического эволюционизма". Эта концепция признает, что дарвиновский естественный отбор сам по себе мог обеспечить возникновение все более сложных организмов, которое, в конечном счете, привело к нынешнему разнообразию видов, населяющих нашу планету. Отсюда следует, что нет никакой необходимости предполагать вмешательство сверхъестественной силы в эволюционные процессы.

Теистический эволюционизм также не отрицает, что человек возник под действием эволюционных механизмов, изменивших направление развития одной из ветвей приматов. В то же время он настаивает на том, что историческое развитие человечества нельзя объяснить на основе биологических законов. Теологический эволюционизм утверждает уникальность духовной природы человека, которая позволяет ему, в отличие от животных, делать различие между добром и злом и искать в своей душе и в окружающей природе признаки проявления божественной воли. В конечном счете, полагает Коллинз, особенность человека, прежде всего, проявляется в его способности познать Бога, которой лишены все прочие живые существа.

Признание основных принципов теистического эволюционизма, утверждает Коллинз, делает возможным "полностью правдоподобный, интеллектуально приемлемый и логически непротиворечивый синтез" науки и религии. Согласно этому синтезу, вездесущий и вечный Бог создал Мироздание и дал ему "правила поведения", которые наука считает законами природы. Когда Бог решил населить нашу планету живыми существами, он использовал для этого "элегантный механизм эволюции", который за миллиарды лет породил гигантское разнообразие микроорганизмов, растений и животных. Бог также прибег к помощи этого механизма, чтобы вызвать к жизни особый биологический вид, представители которого наделены разумом, свободой воли, осознанием добра и зла и стремлением обрести единение со своим Создателем. Бог с самого начала знал, что эти существа, в конце концов, признают Его моральный закон и будут ему следовать.

Коллинз подчеркивает, что его точка зрения полностью совместима с тем, что говорит наука о внешнем мире. Он полагает, что последовательный сторонник теистического эволюционизма может верить в Бога и в то же время заниматься наукой, не испытывая никаких внутренних конфликтов. Бог Библии, подчеркивает Коллинз, это также и Бог генома. Ему с равным успехом можно молиться и служить и в храме, и в лаборатории.