Критика целей. ВТО была призвана максимально либерализовать и упростить систему международной торговли. Главные задачи ВТО - устранение тарифных и сокращение нетарифных ограничений - зиждятся на постулатах классической политэкономии, а в частности на "теории сравнительных преимуществ", согласно которой свободная торговля является оптимальной системой для всех стран без исключения. Тем не менее, некоторые современные теории экономического развития подвергают сомнению эффективность принципа laisser faire (можно перевести, как принцип невмешательства, честной игры и т.п.) для стран со слабыми экономиками. Сторонники этих взглядов считают, что свободная торговля приносит пользу лишь богатым странам, обладающим сильной экономикой. Из этого вытекает, что ВТО не является независимым и непредвзятым органом, а де-факто защищает интересы развитых стран.

Кроме теоретико-философских противоречий, ВТО также сталкивается с критикой со стороны защитников окружающей среды. Они утверждают, что свободная торговля и дерегулирование отрицательно влияют на экологическую обстановку. Некоторые защитники окружающей среды считают, что само определение понятия "благо" в интерпретации ВТО состоит в увеличении валового внутреннего продукта, росте прибылей и пр., что автоматически приводит к пренебрежению экологией. Таким образом, задача повышения эффективности экономик кардинально противоречит охране окружающей среды.

Экономисты Майкл Вайнстайн\Michael M. Weinstein и Стив Чарновиц\Steve Charnovitz, опубликовавшие исследование на эту тему (называется "Озеленение ВТО"\The Greening of the WTO) утверждают, что эта структура пытается найти необходимый баланс между обеспечением необходимых торговых условий и охраной окружающей среды, поскольку любые изменения в политике ВТО должны получить одобрение со стороны всех стран-членов. Вместе с этим, многие развивающиеся страны выступают против внедрения дорогостоящих технологий и стандартов по охране окружающей среды, так как это может подорвать их конкурентоспособность.

Критика структуры и деятельности ВТО. Противники ВТО часто обвиняют ее в недемократичности. Сторонники этой точки зрения уверены, что недемократичность ВТО позволяет индустриально развитым и "богатым" странам доминировать над "бедными" и развивающимися. Другим объектом критики является неэффективность деятельности ВТО. Критики утверждают, что основные требования по снижению торговых ограничений предъявляются лишь "бедным" странам, тогда как развитые страны продолжают использовать полный арсенал протекционистских мер.

Экономисты Сьюзан Эссерман\Susan Esserman и Роберт Хоус\Robert Howse в своей статье "ВТО под судом"\The WTO on Trial  подвергают деятельность ВТО скрупулезному анализу. Так, по мнению авторов, еще ни в какой международной структуре споры и несогласия между странами не решались таким бесцеремонным и насильственным образом, как в ВТО. Авторы пытаются выяснить, каким образом ВТО использовала беспрецедентную, по своим масштабам, власть. Еще в 1995 году юридические нормы по решению и урегулированию международных торговых споров были предметом особой гордости основателей ВТО. Однако сегодня даже сами архитекторы международного торгового законодательства сознаются, что процесс стал неконтролируемым. Юридическая система ВТО все больше подвергается критике из-за своей неадекватности и несоответствии реальным нуждам стран-членов. Развивающиеся страны, в свою очередь, протестуют против нынешнего законодательства, так как, по мнению последних, не все страны-члены ВТО могут использовать положения законов ВТО с целью защиты своих интересов.